La sequía se encuentra muy próxima si no cambia la situación de escasez de precipitaciones, la cual es una anomalía en donde el agua no es suficiente para abastecer las necesidades de las plantas, los animales y los humanos que viven en dicho municipio.
La falta de agua ha afectado a ganaderos y pobladores, Pénjamo durante muchos años ha sido considerado como un lugar agradable para visitar, desgraciadamente la falta de precipitaciones lo tienen al borde de la sequía, un grave problema para el ganado, campo y los habitantes de este municipio, pues si duda alguna en cualquier parte del mundo es indispensable para la vida el vital líquido.
El desbasto de agua podría generar un serio problema de salud en este mencionado municipio, la sequía podría afectar negativamente la calidad del aire, durante las sequías hay mayores probabilidades de incendios forestales y tormentas de polvo, además de que es prácticamente imposible sembrar a falta de este recurso.
Cabe destacar que hace 24 años, en esta ciudad había varios arroyos pluviales, que ayudaban a evitar problemas de inundaciones en la ciudad y que, ahora, han ido desapareciendo paulatinamente gracias a las acciones del hombre.