Desde el año 1999, la Laguna de Yuriria ha sido considerada como un Área de Importancia para la Conservación de las Aves por parte de la CONABIO debido a que es un sitio de descanso y alimentación temporal para las aves migratorias, mismas que en su mayoría se encuentran en protección por la SEMARNAT.

Lamentablemente, en últimos días se ha dado a conocer que la fauna que llega y habita la Laguna de Yuriria ha estado perdiendo la vida y desconocen cuál es la verdadera causa, aunque lo atribuyen a varios factores entre ellos la contaminación del agua y la sequía por la que atraviesa.

Pescadores del lugar dieron a conocer que los cadáveres de las aves fueron encontrados en la zona oriente de la laguna, específicamente en Punta del Tajo y dicho por ellos quizá lo que está causando la muerte de los animales, principalmente pelícanos, es la falta de alimento debido a la escases del mismo por la sequía, ya que, según información compartida por la SMAOT, actualmente la laguna tiene menos del 8% de su capacidad de llenado y la zona donde fueron encontradas las aves sin vida está demasiado fangosa, causando la ausencia de peces y en general de alimento para las aves.

Por otro lado, la Universidad Autónoma de México (UNAM), dio a conocer que la Laguna de Yuriria no solo presenta problemas de sequía, sino que además, la poca que contiene está demasiado contaminada, ya que este sitio es el receptor directo de aguas residuales, desechos textiles, lixiviados de áreas de cultivo y líquidos residuales por actividades agropecuarias, por lo que también atribuyen a esto la muerte de los animales.