En el marco del nombramiento de Comonfort como Pueblo Mágico, es de destacar que entre las riquezas históricas que ofrece el municipio se encuentra la zona arqueológica aún explorada, Cerro de Los Remedios.
Los primeros datos de asentamientos poblacionales en esa zona, de acuerdo a datos de Kirchhoff y Braniff, establecen presencia de humanos en los valles de los ríos Lerma, Laja, Turbio y Guanajuato, desde épocas tan remotas como 350 años ante de Cristo.
Un estudio realizado por Pedro Armillas (9 de septiembre de 1914 – 11 de abril de 1984), propone que hubo un despoblamiento gradual entre los años 900 y 1150, posiblemente debido a dos razones: problemas ambientales, que dieron lugar a la escasez de alimentos y a que otros grupos tribales atacaban los asentamientos y robaban sus pertenencias.
Es en este período, aparecen las principales construcciones en el valle de Chamacuero, tanto en las regiones de Madre Vieja como en la zona de Los Remedios.
La arqueóloga Beatriz Braniff considera que las primeras tribus que se instalaron en estos valles fue hacia el año 350 aC, aunque culturalmente empiezan a florecer hacia los 800 dC.
Es difícil precisar cuando llegaron las primeras tribus pames a esta región, lo que ya se sabe es que ya encontraron un territorio poblado por tribus primitivas agrícolas, recolectoras y cazadoras, una región rica en recursos naturales y un clima suficientemente agradable para vivir.
Por la teoría de desarrollo de las culturas, se supone que los asentamientos pames que formaban la provincia del río Laja se desarrollan del sur a norte, siendo primero los del sur, luego los del norte.
Es esta corriente la que llega a lo que se llama Chamacuero, no sin antes dejar asentamientos en San Juan del Río, Querétaro, Apaseo, y en Santa María del Refugio al este de la ciudad de Celaya.
Sin embargo, los asentamientos más importantes por sus dimensiones y características son los que se encuentran en el municipio de Comonfort, en la zona de Madre Vieja comunidad de Empalme Escobedo, en el Cerro de los Remedios en Comonfort y en la comunidad de Orduña.
Madre Vieja. El nombre de Madre Vieja proviene de una designación de los españoles hacia una de las partes de un molino de harina que seguramente se movía con las aguas del río llamada la madre, y como esa parte era considerada como la más antigua se denominó madre vieja.
Se encuentra situado sobre una plataforma pluvial en un meandro del Río de la Laja en el Ejido de la Palma en la ciudad de Comonfort casi en la conurbación de Empalme Escobedo
Los Remedios. Si bien el centro ceremonial se extiende sobre una ladera al lado septentrional del Cerro de los Remedios, hay vestigios que muestran que todo el cerro, servía tanto para la habitación como para el cultivo del maíz, ya que existen terrazas originales que han sido paulatinamente sustituidas por construcciones modernas.
El centro ceremonial consta de diecisiete pirámides truncadas localizadas en 29 distintas posiciones. Tiene una explanada de aproximadamente unas dos hectáreas que se encuentra al lado sur oriente y muestra como elemento esencial un patio hundido, localizado en la parte sur poniente. Hacia el cerro muestra una serie de oquedades o cuevas, que también muestran presencia de restos arqueológicos.
Morales. La zona arqueológica se encuentra en la parte superior de un cerro y es coronada por una pirámide truncada de tres niveles. Existe una segunda pirámide hacia el lado Poniente, que puede considerarse como secundaria.
La extensión de la zona arqueológica es mucho menor que la de Los Remedios, porque está limitada por las condiciones topográficas. Sin embargo pueden notarse también algunas explanadas o patios ceremoniales aledaños a las estructuras piramidales principales.
En la zona del Valle de Chamacuero se ha hallado cerámica muy diversa y de forma variada.
El Gobierno del Estado a través del Instituto Estatal de la Cultura tiene actualmente bajo su coordinación cinco zonas arqueológicas abiertas al público: El Cóporo, Peralta, Plazuelas, Cañada de la Virgen y Arroyo Seco, ésta última de pintura rupestre.
