Este emblemático recinto fue fundado el 26 de Mayo de 1615, por el P. Fray Juan de San Nicolás, su construcción se transcurrió del año 1642 al 1782., por lo que su estilo predominante es el barroco.

La iglesia de San Agustín fue construido para albergar una Real y Pontifica universidad dirigida por los propios agustinos la cual era semejante a la famosa Universidad Medieval Pontifica de Salamanca España, por desgracias el mencionado proyecto no se logró deebido a la cercania de ls Universodad Franciscana de Celaya.

En el transcirso de la lucja de Independencia de México, siguió bajo el dominio de los frailes agustinos, sin embargo despues después de la Guerra de Reforma, el covento fue cerrado y exclaustrados los agustinos en el año de 1860 para funcionar como Penitenciaria del estado en 1867 a 1915, cuartel militar en tiempos de la Revolución, Escuela Central de Artes, oficios del año 1921 al 1925, Escuela Primaria Francisco I. Madero del año 1929 al 1973 y oficinas administrativas del Sindicato Petrolero de la Sección 24 del año 1942 al 1963.

Para finales del siglo XX el recinto comenzo a deteriorarse, en ese momento la sociedad salmantina se organizó para apoyar la restauración total del edificio la cual comenzo en el año 1999 y terminó en el año 2002, en el año 1984 el Claustro menor comenzó a funcionar como Casa de la Cultura y fue restaurado del año 2007 al 2011 quedando su estilo actual definido con una maravillosa estructura y detalles magnificos que solo este recinto puede ofrecer a sus visitantes para dejarlos maravillados con su exquisita arquitectura.

Todo este conjunto conventual logró su restauración total devolviéndole ese gran esplendor y belleza artística y espiritual que tuvo en sus orígenes, qiedando para México y para el mundo como patrimonio cultural.